Метагеномное секвенирование

Здесь размещаем и обсуждаем варианты диагностики при БМ и ТГ. Дифференциальная диагностика.

Модератор: Модераторы

Арина
Сообщения: 486
Зарегистрирован: Вт июн 26, 2018 6:03 pm

Метагеномное секвенирование

Сообщение Арина » Вт июн 29, 2021 11:42 am

admin писал(а):
Пн июн 28, 2021 11:43 am
За последние пару лет все больше лабораторий по миру начало проводить метагеномное секвенирование, или как сейчас называют уже секвенирование новой генерации (NGS).

Я пробежалась сейчас по сайтам нескольких лабораторий, предлагающих подобную услугу.
Пока не понимаю, что именно в результате услуги клиент получит - вроде как некоторые интерпретации результатов в зависимости от типа анализа (типа секвенирование микробиома кишечника - результатами будет преобладание тех или иных бактерий кишечных и тп. плюс какие-то рекомендации).

Пытаюсь разобраться что НАМ нужно получить в результате метагеномного секвенирования моргеллонских волокон-микроорганизмов.
Хотелось бы "сырые данные" - просто описание найденных генов? аминокислот? в общем, участков днк/рнк моргеллонского волокна. Просто файл/файлы с последовательностью генов/аминокислот/хз чего из чего состояит геном организма.
Плюс к сырым данным - вывод о принадлежности вида (бм волокна) к основным группам/классам живых организмов: на сколько % близки к грибам, бактериям, червям и тд. - и на сколько отличаются.
Еще было бы круто получить ифнормацию насчет отличий от основных группу классификации - т.е. в каких участках генома пошли мутации/изменения и чем они могли быть вызваны.
И наконец, признаки генной модификации изначального генома - какой вид был изменен и каким образом чтобы получилось гмо-чудовище-моргеллон.

Как бы это найти такую лабораторию и таких людей кто сделал бы такой нам анализ...
Чисто запрос во вселенную...
Присоединяюсь. Чисто вопрос. Но думается больше к тем самым военным биолабраториям :( Поскольку гражданские лабы просто ХРЕНЬ!

admin
Site Admin
Сообщения: 3672
Зарегистрирован: Вс июн 24, 2018 1:38 pm

Метагеномное секвенирование

Сообщение admin » Вт июн 29, 2021 2:12 pm

Арина писал(а):
Вт июн 29, 2021 11:42 am
Но думается больше к тем самым военным биолабраториям Поскольку гражданские лабы просто ХРЕНЬ!
Суть моего запроса - найти людей которые сделают конкретно то что попросим - а не то что предлагается в прайсе лабораторий.
Гражданские лабы вполне ок - че там - надо оборудование и реактивы (расходники). Ну и чтобы ресурсы были информационные ибо обрабатывать придется кучу информации (все эти последовательности нуклеотидов и прочие нюансы).
А(ф)

Татьяна
Сообщения: 1224
Зарегистрирован: Вт июл 10, 2018 10:08 am

Метагеномное секвенирование

Сообщение Татьяна » Вт июн 29, 2021 6:49 pm

Алена. Находила я такую лабораторию. Полное секвенирование генома. Но потеряла контакты. Стоила услуга 200000 рублей. Выкладывала здесь ссылку на сайт. Bobi тоже героическая личность. 1 она последовательно все изучает с микроскопом.2 сделала сама сайт и там выкладывает свои наблюдения. 3 тоже ищет лабу для секвенирования. Мне кажется в России это можно сделать намного дешевле чем в штатах. Я к чему- можно привлечь финансирование иностранных бм больных. Но тут начнется спор что именно секвенировать. Если мы здесь прийдем к пониманию со всех сторон, то эту тему можно довести до результата.

admin
Site Admin
Сообщения: 3672
Зарегистрирован: Вс июн 24, 2018 1:38 pm

Метагеномное секвенирование

Сообщение admin » Вт июн 29, 2021 7:22 pm

Татьяна писал(а):
Вт июн 29, 2021 6:49 pm
Алена. Находила я такую лабораторию. Полное секвенирование генома. Но потеряла контакты. Стоила услуга 200000 рублей.
Это было пару лет назад насколько я помню - тогда это было у нас еще редкость.
Сейчас технология стала доступнее по цене и оборудование ввезли к нам и научились пользоваться.
Но пока в основном пакетные услуги дл пациентов типа секвенирвоание кала с результатами в картинках (ну условно в картинках).
А то что нам надо - не думаю что получится заазать напрямую обращаясь в лабораторию.
А(ф)

admin
Site Admin
Сообщения: 3672
Зарегистрирован: Вс июн 24, 2018 1:38 pm

Метагеномное секвенирование

Сообщение admin » Вт июн 29, 2021 7:28 pm

Татьяна писал(а):
Вт июн 29, 2021 6:49 pm
Bobi тоже героическая личность. 1 она последовательно все изучает с микроскопом.2 сделала сама сайт и там выкладывает свои наблюдения. 3 тоже ищет лабу для секвенирования.
Упс, я пропустила этот момент что она ищет лабу для секвенирования.
Татьяна писал(а):
Вт июн 29, 2021 6:49 pm
Мне кажется в России это можно сделать намного дешевле чем в штатах.
Так и есть. Если говорить о платных услугах лабораторий.
Татьяна писал(а):
Вт июн 29, 2021 6:49 pm
Я к чему- можно привлечь финансирование иностранных бм больных. Но тут начнется спор что именно секвенировать. Если мы здесь прийдем к пониманию со всех сторон, то эту тему можно довести до результата.
Хорошая идея насчет финансирования.
Финансирование можно и краудфандингом собрать.
Главное чтобы да, все понимали что именно планируется сделать и какие ожидаются результаты.

Что именно секвенировать: тут имхо все просто:
- есть несколько видов выходов из кожи: два вида волокон и мусор.
Каждый вид волокон отдельно + мусор в кучу.
НЕ соскобы с кожи или другие образцы биоматериала человека.
А именно с помощью стереомикроскопа аккуратно пинцетом достать только вылезшие из кожи волокна и мусор, собрать неск штук и вот эти образцы отдать на секвенирование.
Причем брать образцы должен специалист-лаборант-врач прямо в лаборатории. Плюс все это надо снимать на видео с микроскопа стерео который - чтобы четко было видно как брались образцы .
А(ф)

Татьяна
Сообщения: 1224
Зарегистрирован: Вт июл 10, 2018 10:08 am

Метагеномное секвенирование

Сообщение Татьяна » Ср июн 30, 2021 5:31 am

Можно Манину попросить. Я с ней знакома. Она женщина сочувствующая и врач лаборант. Может еще одну статью напишет по теме.

admin
Site Admin
Сообщения: 3672
Зарегистрирован: Вс июн 24, 2018 1:38 pm

Метагеномное секвенирование

Сообщение admin » Ср июн 30, 2021 11:52 am

Татьяна писал(а):
Ср июн 30, 2021 5:31 am
Можно Манину попросить. Я с ней знакома. Она женщина сочувствующая и врач лаборант. Может еще одну статью напишет по теме.
Манина имеет доступ к метагеномному секвенированию?
А(ф)

Татьяна
Сообщения: 1224
Зарегистрирован: Вт июл 10, 2018 10:08 am

Метагеномное секвенирование

Сообщение Татьяна » Ср июн 30, 2021 7:02 pm

admin писал(а):
Ср июн 30, 2021 11:52 am
Татьяна писал(а):
Ср июн 30, 2021 5:31 am
Можно Манину попросить. Я с ней знакома. Она женщина сочувствующая и врач лаборант. Может еще одну статью напишет по теме.
Манина имеет доступ к метагеномному секвенированию?
Нет. Я ответила вот на это

Причем брать образцы должен специалист-лаборант-врач прямо в лаборатории. Плюс все это надо снимать на видео с микроскопа стерео который - чтобы четко было видно как брались образцы .

admin
Site Admin
Сообщения: 3672
Зарегистрирован: Вс июн 24, 2018 1:38 pm

Метагеномное секвенирование

Сообщение admin » Ср июн 30, 2021 10:50 pm

Татьяна писал(а):
Ср июн 30, 2021 7:02 pm
Нет. Я ответила вот на это

Причем брать образцы должен специалист-лаборант-врач прямо в лаборатории. Плюс все это надо снимать на видео с микроскопа стерео который - чтобы четко было видно как брались образцы .
Ааа!
Так вобщемто любой медик или лаборант это может сделать, если уж удастся найти лабораторию то в ней кто-то и возьмет.
Т.е. имелось в виду, не отправлять/передавать в лабораторию образцы "в спичечной коробке", а непосредственно брать на месте с человека с бм. А лучше с нескольких людей.
А(ф)

Татьяна
Сообщения: 1224
Зарегистрирован: Вт июл 10, 2018 10:08 am

Метагеномное секвенирование

Сообщение Татьяна » Чт июл 01, 2021 4:56 am

Не факт

Ответить

Вернуться в «Диагностика»